Seit ihrem Beginn in der ersten Projektphase (Juni 2020 - Mai 2023) fokussierte die tdAcademy auf vier Themenlinien, die zentrale Fragen der transdisziplinären Forschung adressieren. Die Arbeit konzentrierte sich zum einen auf die Themen "Gesellschaftliche Wirkungen" und "Wissenschaftliche Wirkungen transdisziplinärer Forschung". Eine weitere Themenlinie widmete sich der systematischen Erforschung der Kontextbedingungen für transdisziplinäre Forschung. In der vierten Themenlinie beschäftigte sich das Team mit neuen integrativen Forschungsformaten und ihrer potenziellen Bereicherung für die transdisziplinäre Forschung.
In der zweiten Projektphase von tdAcademy (Juni 2023 - Mai 2025) wurden die vier Themenlinien beibehalten, jedoch enger miteinander verknüpft. Es wurden innovative Fragestellungen an den Schnittstellen der Themenlinien bearbeitet, wobei bereits erhobene Daten und Ergebnisse integrativ betrachtet und analysiert wurden. Dies führte zu Forschung, die auf der Integration an den Schnittstellen zwischen jeweils zwei Themenlinien basiert. Das übergeordnete Ziel dieser Forschungsarbeit in der zweiten Phase bestand darin, die zunächst parallel erarbeiteten Erkenntnisse aus den Themenlinien systematisch zu verknüpfen, um Synergien und Widersprüche herauszuarbeiten. Die Ergebnisse beider Schnittstellen wurden am Ende zusammengeführt und flossen in einen Reflexionsleitfaden ein, der Projektverantwortliche bei der wirkungsorientierten kontextsensitiven Auswahl von Formaten unterstützen soll.

